Las salas temporales, Sala Tarquis y Sala Pedro González, toman su nombre de uno de los fundadores del Museo, Pedro Tarquis y del artista y miembro fundador del grupo Nuestro Arte, Pedro González. Estos espacios acogen exposiciones temporales, que implican un período de muestra más breve, generalmente entre tres a seis meses y que son seleccionadas a través de las bases públicas convocadas por el Organismo Autónomo de Cultura,  así como las exposiciones fruto de las Residencias Tarquis-  Robayna, de carácter anual.